Фамилия Кондрашкин образована от имени Кондрашка — уменьшительной формы имени Кондратий, русского разговорного варианта канонического мужского имени Кондрат. Происхождение самого имени Кондрат восходит к латинскому слову quadratus, что значит «квадратный» или «широкоплечий». В античности это было прозвище, указывавшее на крепкое телосложение или устойчивый характер, а в христианской традиции закрепилось как имя нескольких святых.

Кондрашка в крестьянской среде XVI–XVII веков было не прозвищем, а именно мирским именем — нецерковным, данным в быту. Такие имена часто вытесняли полные канонические формы, потому что были короче и удобнее в повседневном общении. От имени Кондрашка по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ин образовалась фамилия Кондрашкин, буквально означавшая «чей?» — «сын Кондрашки» или «потомок Кондрашки».

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к лицу мужского пола с основой на -а или -я: так же построены фамилии Фомин, Савин, Ильин. Кондрашкин стоит в одном ряду с однокоренными Кондратов, Кондратьев, Кондратюк, но отличается именно уменьшительной основой — она выдаёт неформальное, домашнее имя родоначальника.

В документах фамилия Кондрашкин встречается преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в бывших Тамбовской и Рязанской губерниях, где имя Кондратий было широко распространено среди крестьян и однодворцев. Встречаются и варианты написания: Кондрашкин, Кондрашков, Кондрашов — все они восходят к одному корню, но разные суффиксы указывают на разные ветви рода или региональные особенности словообразования.

Никакой связи с «кондрашкой» в значении «удар, паралич» фамилия не имеет — это народное переосмысление более позднего времени. Первоначальное значение имени остаётся в сфере личных имён, а не болезней.