Фамилия Кондрашкова — женская форма от Кондрашков, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ов- от прозвища или имени Кондрашко. Это уменьшительная форма крестильного имени Кондратий (от латинского quadratus — «квадратный», «широкоплечий», в переносном смысле — «крепкий», «основательный»). Интересно, что в русской традиции суффикс -шк- (Кондрашко, Васька, Петрушка) часто давал не столько ласкательный, сколько обиходно-бытовой оттенок: так называли простых людей, работников, младших членов семьи. Фамилия могла закрепиться за сыном Кондрашки, то есть за человеком, чей отец носил это обиходное имя.

В отличие от фамилий на -ин (типа Кондрашин), где основа оканчивается на -а или -я, фамилия Кондрашков (и её женская форма) следует за твердой основой на согласный. Это одна из самых распространенных моделей русских фамилий, но в данном случае основа — не полное имя, а именно народная, сокращенная форма. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был выходцем из высших слоев общества, где чаще использовали полные церковные имена (Кондратьев). Кондрашковы — потомки человека, которого в быту звали просто Кондрашкой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где имя Кондратий было особенно популярно в XVII–XIX веках. В южных и казачьих регионах форма Кондрашков встречается реже: там предпочитали суффиксы -енко или -ук (Кондратенко, Кондратюк). Таким образом, по фамилии можно с определенной долей вероятности предположить, что предки происходили из крестьянской или мещанской среды Московской, Тверской, Ярославской или Вологодской губерний.

В написании фамилии важно не путать её с похожей, но отдельной фамилией Кондрашова. Кондрашов образован от имени Кондраш (с суффиксом -ш-), а Кондрашков — от Кондрашко (с суффиксом -шк-). Разница в суффиксе говорит о разных диалектных вариантах одного и того же имени: в одних говорах говорили «Кондраш», в других — «Кондрашко». Фамилия Кондрашкова, хоть и менее распространена, чем Кондрашова, сохранила более архаичную, «документальную» форму, характерную для старых писцовых книг, где имена часто записывали с суффиксом -ко.