Фамилия Кондыганов образована по одной из самых распространённых в русском ономастиконе моделей: основа плюс суффикс -ов. Но интерес здесь не в суффиксе, а в корне — «кондыг-». Слово это не общеупотребительное, и чтобы понять его значение, нужно заглянуть в диалекты и историю прозвищ.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «кондыгать» или существительным «кондыга». В южнорусских и сибирских говорах «кондыгать» означало хромать, прихрамывать, идти вразвалку. Соответственно, прозвище Кондыга могли дать человеку с характерной походкой — хромому или косолапому. Такие прозвища по физическим особенностям были в ходу у крестьян и посадских людей: они точны и не требуют объяснений. Фамилия Кондыганов, таким образом, означает «потомок Кондыги», то есть человека, которого в округе знали по этой примете.

Есть и более редкая версия, связанная с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «кондык» или «кондыг» — это короткая палка, колышек, а также деталь конской сбруи. Но здесь нужно быть осторожным: фамилия звучит по-русски, имеет чисто русский суффикс, и никаких документальных свидетельств о тюркском происхождении конкретно Кондыгановых нет. Если предок и был из тюркской среды, то прозвище быстро обрусело и потеряло связь с исходным значением.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не встречается. Географически её можно встретить в Поволжье и на Урале — регионах, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами, а диалектная лексика была особенно богата. Сословно Кондыгановы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — прозвища такого типа редко давали дворянам.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие параллели — Кондыгин (с другим суффиксом) и Кондыков (от другой формы того же корня). Все они восходят к одному прозвищному гнезду и говорят о том, что предок носителя выделялся среди односельчан походкой или телосложением. Никаких знаменитых Кондыгановых в истории не зафиксировано, что только подтверждает: это фамилия простого человека, чья история — в его прозвище, а не в громких титулах.