Фамилия Конокбаев — яркий пример тюркской модели образования фамилий, характерной для народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии. В основе лежит мужское имя Конокбай, которое состоит из двух частей: «конок» (в тюркских языках — «гость», «путник», «пришелец») и «бай» («хозяин», «богач», «господин»). Буквально имя означает «гостеприимный хозяин» или «богатый гость» — типичное для кочевых культур пожелание достатка и открытости миру.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Конокбаев — «сын (или потомок) Конокбая». По такой же схеме сложились десятки фамилий у казахов, башкир, татар, ногайцев и киргизов (сравните: Тугузбаев, Карабаев, Исмагулов). Однако в русской паспортной системе фамилия закрепилась именно в форме с «-ев», а не с тюркским «-улы» или «-оглы».

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану и приграничным регионам России, особенно к Астраханской и Оренбургской областям, где исторически селились ногайцы и казахи. Встречается и у карачаево-балкарцев — у них корень «конок» имеет то же значение, но имя могло звучать как Конокбай или Къонакъбай.

Отдельного внимания заслуживает редкий вариант ударения. В большинстве носительских фамилий ударение падает на последний слог (Конокба́ев), но в некоторых локальных традициях — на второй (Кона́кбаев), что связано с диалектным произношением основы.

Сословной привязки у фамилии нет: Конокбаевы могли быть и зажиточными скотоводами, и рядовыми общинниками. Имя не давало социальных привилегий, а лишь фиксировало личное качество или пожелание. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается — она массово оформилась в советское время, когда тюркские имена стали записывать в русскую форму.