Фамилия Кононникова происходит от прозвища Канонник. Так называлась книга с церковными песнями и канонами (особая группа христианских богослужебных песнопений), предназначенная для ежедневного совершения келейного (домашнего) молитвенного правила, а также для подготовки клириков к совершению богослужения и для мирян, готовящихся к причащению Святых Тайн. Она содержала извлечения из книг, употребляемых при богослужении в храме. У раскольников канонниками называли чтецов текстов канонов. Следовательно, предок обладателя данной фамилии, вероятно, был грамотным человеком, умевшим читать каноны и псалтырь. С течением времени под влиянием окающих говоров гласный А в корне преобразовался в О, в результате чего изменилось и написание фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Канонник, со временем получил фамилию Кононникова.