Фамилия Кононникова — это не женская форма мужской фамилии, а исторически исходный вариант, который носили и женщины. В основе лежит прозвище Канонник. Так на Руси называли человека, связанного с богослужебной книгой «Канонник» — сборником церковных песнопений и молитвенных правил для домашнего чтения. В среде старообрядцев канонниками звали грамотных чтецов, которые знали тексты канонов наизусть и могли вести службу.

Прозвище образовано от названия книги с помощью суффикса -ник, который указывал на человека по его занятию или отношению к предмету. Позже, в окающих говорах северных и центральных русских земель, безударный звук «а» перешёл в «о»: Канонник стали произносить и писать как Кононник. От этого варианта и пошла фамилия Кононников, а от неё — Кононникова.

Судя по основе, предок носительницы этой фамилии был не просто верующим, а человеком книжной грамоты — редкое качество для крестьянской среды. Он мог быть церковным чтецом, певчим или наставником в общине, а в быту его выделяли как «канонника» — знатока канонов. Со временем прозвище закрепилось за его детьми как фамильное.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имён и прозвищ с конечным твёрдым согласным, Кононникова имеет суффикс -ов, присоединённый к основе на -ник. Такая модель типична для фамилий, произошедших от названий профессий или статусов: Мельников, Плотников, Кононников. Встречается фамилия в основном в регионах с окающим говором — Архангельской, Вологодской, Костромской областях, а также у старообрядцев, которые долго сохраняли архаичное произношение.