Фамилия Конюхин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -к- или -х- плюс суффикс -ин. В данном случае основа — «конюх», то есть работник, ухаживающий за лошадьми. Фамилия, таким образом, профессиональная: предок носителя Конюхин был конюхом, обслуживал конюшню, чистил лошадей, запрягал и кормил их.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «сын конюха». Сравните с фамилиями того же типа: Кучерявых — от прозвища, а Конюхин — от названия профессии. Интересно, что слово «конюх» в древнерусском языке могло иметь и более широкое значение — не просто служитель при конюшне, а человек, ведающий хозяйскими лошадьми, иногда даже управляющий выездом. Поэтому носитель фамилии мог быть не рядовым работником, а старшим конюхом, что было заметной должностью в усадьбе или при дворе.

Географически фамилия встречается по всей центральной России, но особенно часто — в бывших вотчинных землях, где было развито коневодство: в Тверской, Ярославской, Костромской, Рязанской губерниях. Встречаются и варианты написания, например, Конюхов — с суффиксом -ов, который характерен для фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. Форма Конюхин закрепилась там, где исходное прозвище или профессия звучали как «Конюха» (в родительном падеже — «Конюхи»), а сын такого человека назывался Конюхиным.

Однокоренные фамилии — Конюхов, Конюшенко, Конюшков — все они восходят к одному и тому же занятию. Но Конюхин стоит особняком: суффикс -ин здесь не уменьшительный, а притяжательный, и это сразу указывает на древность образования — такие фамилии обычно старше, чем фамилии на -ов, и чаще встречаются в документах XVI–XVII веков. В писцовых книгах того времени можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, что говорит о её недворянском происхождении — конюхи были людьми служилыми, но не боярами.