Фамилия Копиенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике указывает на происхождение от отца или на принадлежность к роду. Буквально: «сын Копия» или «потомок Копия». В основе фамилии лежит личное прозвище или нецерковное имя Копей, Копий, Копь.

Ключ к пониманию фамилии — слово «копьё». Прозвище Копей, скорее всего, давали воину, копейщику, либо человеку прямому и «колкому» по характеру. В древнерусских говорах «копьё» могло также означать меру длины или некий заострённый предмет, но военная семантика первична. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «копить» (накапливать) — в этом случае прозвище мог получить запасливый хозяин. Однако ударение в фамилии (Копие́нко, на суффикс) тяготеет к основе «копь», а не «копить», что делает версию с копьём более обоснованной.

Фамилия Копиенко — украинская по суффиксу и типична для левобережной Украины, в частности для Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний, где фамилии на -енко особенно массово закрепились в XVII–XVIII веках среди казачества и крестьянства. Носители фамилии, скорее всего, происходят из казацких или мещанских родов, где прозвище, данное за воинскую доблесть или ремесло, перешло в наследственное имя.

Стоит различать Копиенко и однокоренные фамилии Копейкин, Копьев, Копылов. Последние образованы от других форм того же корня (Копейка, Копыл) и имеют иную географию. Копиенко же — чёткая отчественная форма, сохранившая прямую связь с прозвищем первого носителя.