Фамилия Кордонские (в мужском роде — Кордонский) образована от прозвища Кордон, а в её основе лежит слово «кордон». По одной из версий, прозвище могло указывать на род занятий: ремесленника, работавшего со шнуром или тесьмой, архитектора, имевшего дело с «поясом» на здании, или военного, нёсшего службу в карауле. Чаще всего исследователи склоняются к «военной» версии, так как слово «кордон» в значении «воинская цепь» или «караулы» было широко распространено в пограничной и сторожевой службе.

Однако есть и другая, не менее правдоподобная гипотеза. Прозвище Кордон могло закрепиться за человеком, который жил на границе или был приезжим из другой страны. В этом случае оно несло не профессиональную, а географическую или социальную характеристику.

Формант -ский/-цкий указывает на то, что фамилия сформировалась в западнорусских или украинских землях, где такие окончания были особенно типичны для шляхты и казачества. По этой модели образованы фамилии от названий местностей, но в случае с Кордонскими основа — не топоним, а прозвище, что делает фамилию более редкой и индивидуальной. Прозвище Кордон со временем заменило прежнее родовое имя и перешло в наследственную фамилию.

О точной дате и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления фамилий на украинских территориях растянулся на несколько столетий. Тем не менее, Кордонские — живой памятник славянской ономастики, в котором соединились польское влияние (суффикс -ский), украинская основа и возможный военный или пограничный контекст.