Фамилия Кордонова — женская форма фамилии Кордонов. Её основа, «кордон», сразу отсылает к французскому cordon (шнур, граница, линия охранения). В русском языке это слово закрепилось в XVIII–XIX веках в военном и пограничном деле: «кордон» — это цепь постов, застава, а также сам пограничный рубеж. Поэтому первая и самая прямая версия: предок носителя фамилии служил в пограничной страже, стоял на кордоне. Фамилии такого типа (Кордонов, Кордонный) нередко давали отставным солдатам или казакам, жившим на границе.

Однако у слова есть и бытовое значение. В южных и западных говорах «кордон» могли называть шнурок, тесёмку или верёвку — например, ту, что стягивает кисет или подол одежды. Тогда Кордонов — это прозвище мастера, который делал шнуры, или человека, носившего что-то примечательное на шнурке. Вторая версия менее вероятна, потому что в русской ономастике фамилии от военных терминов встречаются чаще, чем от названий верёвок, но исключать её нельзя.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: «чей?» — Кордонов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кордон. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, возникла не раньше середины XIX века, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии. Встречается преимущественно на юге России и в Поволжье — в местах, где были пограничные линии (Кавказская, Оренбургская) и казачьи поселения. Встречается и вариант Кордонова с ударением на второй слог, что типично для донских говоров.

Редкий случай: в некоторых списках фамилия записана как Кордонова (с двойным «н») — это орфографическая ошибка, возникшая из-за путаницы с фамилией Кордонный. Правильное написание — с одной «н», так как основа «кордон» не требует удвоения.