Фамилия Кордонис — редкая для русского уха, и её происхождение почти наверняка не русское, а балтийское или греческое. В русской ономастике она выглядит как чужеродный элемент: окончание -ис нехарактерно для славянских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Это сразу указывает на литовское или латышское происхождение (в балтийских языках суффикс -is — типичный способ образования фамилий) либо на греческое, где -ис — частый патронимический суффикс.

Если разбирать балтийскую версию, основа Кордон- восходит к слову «kordonas» (лит.) или «kordons» (лат.), что значит «шнур», «кордон» или «граница». В таком случае фамилию могли дать человеку, жившему на границе, либо тому, кто служил в охране кордона — пограничником или стражником. В Литве и Латвии фамилии с таким окончанием массово фиксируются с XIX века, после отмены крепостного права, когда крестьянам официально присваивали прозвища.

Греческая версия менее вероятна, но возможна. В греческом «καρδονης» (kardonis) могло быть прозвищем от «κάρδαμο» — кресс-салат, или от названия растения. Однако в греческой диаспоре на юге России и Украины фамилия с таким корнем почти не встречается, тогда как в Литве и Польше фамилии с корнем «kord-» (Корд, Кордецкий, Кордон) хорошо известны.

Есть и третья, более спорная гипотеза: связь с польским «kord» — кортик, кинжал. Тогда Кордонис мог быть прозвищем мастера по изготовлению холодного оружия или воина, носившего кортик. Но в польской фамильной модели окончание -ис нетипично, поэтому эта версия слабая.

Социальный контекст: носители фамилии Кордонис в Российской империи относились в основном к мещанскому или крестьянскому сословию, без дворянских корней. Встречается фамилия в записях Виленской и Ковенской губерний, а также в переписях латышских волостей. В современной России Кордонис — редкость, чаще её можно встретить в Литве, Латвии и среди потомков балтийских переселенцев.

Таким образом, скорее всего, предки человека с фамилией Кордонис жили на границе Литвы или Латвии и носили прозвище, связанное с кордоном или границей. Фамилия — не русская, а прибалтийская, и её форма сохранила исходное окончание без русификации.