Фамилия Корныльев — один из тех случаев, где народная, разговорная форма имени взяла верх над официальной церковной. В основе лежит крестильное имя Корнелий, которое в быту звучало как Корныля. Именно эта производная, «домашняя» форма и закрепилась в фамилии с помощью типичного русского патронимического суффикса -ев (указывающего на принадлежность: «сын Корныли»).

Имя Корнелий имеет двойную этимологию, и обе версии уходят корнями в латынь. По первой, более распространённой, оно связано с латинским cornu — «рог». По второй, менее очевидной, восходит к cornum — так римляне называли плод кизила (ягоду). Какая из них верна, сказать сложно, но обе отсылают к чему-то твёрдому, прочному или, в случае с кизилом, терпкому и яркому.

Фамилия Корныльев — не единственная в этом ряду. Однокоренные Корниловы, Корневы, Корнильевы образованы от того же имени, но от разных его форм. Вариант с мягким знаком (Корныльев) встречается реже, чем «Корнилов», и это может говорить о более поздней фиксации фамилии или о локальной традиции произношения.

Точное место возникновения фамилии установить трудно: фамилии на -ов/-ев складывались на протяжении нескольких столетий, и документальных свидетельств о первом Корныльеве не сохранилось. Однако по модели образования ясно, что предок носителя этой фамилии был простым человеком — крестьянином или посадским, которого в официальных бумагах записывали не по полному церковному имени, а по тому, как его называли в семье и в соседях.