Фамилия Кошкинцев выделяется даже на фоне других русских фамилий — уж очень редкий у неё суффикс. Подавляющее большинство фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский. А здесь -цев, да ещё и с «н» перед ним. Чтобы понять, что она значит, нужно разобрать её по косточкам.

Основа здесь — «Кошкин». Это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: кошкин (дом, сын, внук). В роли фамилии «Кошкин» встречается часто и обычно ведёт своё начало от прозвища Кошка — так на Руси могли назвать хитрого, ловкого или мягкого в общении человека. Однако к фамилии Кошкинцев это имеет лишь косвенное отношение. Дело в том, что суффикс -цев указывает на принадлежность к определённой группе людей — обычно к жителям какого-то места. Сравните: Ростовцев (из Ростова), Тамбовцев (из Тамбова). Но «Кошкин» — не название города или села.

Здесь работает другая модель. Фамилия Кошкинцев — это так называемая «фамилия от фамилии». Её получили, скорее всего, крестьяне, принадлежавшие помещику Кошкину. В документах XVIII–XIX веков крепостных нередко записывали по барину: «Кошкинский человек», «Кошкинцев» — то есть «из людей Кошкина», «принадлежащий Кошкину». Со временем эта описательная конструкция закрепилась как наследственное родовое имя. Таким образом, предок носителя фамилии Кошкинцев был не просто однофамильцем, а крепостным крестьянином или дворовым человеком, хозяина которого звали Кошкин.

Встречается фамилия крайне редко. Географически её можно связать с центральными и южными губерниями России, где было распространено помещичье землевладение. Второй, менее вероятный вариант происхождения — от названия исчезнувшего хутора или деревни Кошкино через форму «кошкинцы» (жители Кошкина), но тогда фамилия звучала бы как Кошкинцев, а не Кошкинцев — ударение сместилось бы. Поэтому версия с крепостной принадлежностью остаётся основной.