Фамилия Косишнев — редкий случай, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией, а с внешностью или манерой поведения. Корень здесь — «косой». Речь не обязательно о косоглазии: в русских говорах «косой» означало и кривобокого, и хромого, и просто нелюдимого, угрюмого человека. Суффикс «-шн-» в фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на притяжательность от прозвища с уменьшительным или уничижительным оттенком. Косишня — так могли называть человека с заметной «косинкой»: скособоченного, смотрящего искоса или постоянно ворчливого.

Модель образования проста: прозвище Косишня (или, в диалектном произношении, Косишной) дало форму Косишнев — «чей?» — «сын Косишни». Суффикс «-ев» стандартно присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, получившим уличное прозвище за характерную черту.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где диалектная форма «косишня» (от «косить» в значении «кривить, клонить») была более употребительна. В документах XVII–XVIII веков можно встретить однокоренные прозвища Косой, Косушка, Косик, но Косишня — вариант более редкий, с явным просторечным оттенком.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать фамилию с глаголом «косить» в значении «срезать траву», но тогда основа была бы Косец, Косильщик или Косарь. Суффикс «-шн-» для ремесленных прозвищ нехарактерен. Поэтому внешность или поведение — самая надёжная трактовка. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих: её носители — потомки крестьянского или посадского люда, у которых прозвища часто были меткими и нелестными.