Фамилия Косишнева — женская форма, а её мужской вариант, Косишнев, встречается редко, что сразу настораживает: не ошибка ли это при записи? Скорее всего, перед нами не фамилия в привычном понимании, а искажённая форма от более распространённой Косинцев, Косинцев или Косинёв. Дело в том, что суффикс -шн- почти не встречается в русских фамилиях, образованных от прозвищ или имён. Обычно он появляется в отчествах от имён на -ша (Гриша — Гришин, Паша — Пашин), но здесь основа «Косиш-» не даёт ясного имени.

Если отбросить «лишнюю» букву, получится Косинева — фамилия, образованная от прозвища Косинь или Косин. В основе лежит прилагательное «косой» — человек с косоглазием, кривой, или тот, кто косит глазами. В русских говорах «косиной» называли также кривую линию, изгиб, а «коситься» означало смотреть искоса, недоверчиво. Таким образом, предок мог получить прозвище за внешность или за привычку.

Второй вариант, менее вероятный, но возможный: связь с ремеслом. В диалектах «косить» — не только срезать траву, но и делать кривым, гнуть. Прозвище Косинь мог получить кузнец, работавший с кривыми деталями, или бондарь, делавший изогнутые клёпки.

География фамилии подсказывает, что Косишневы встречаются в основном на юге России и в Поволжье — в Волгоградской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Там же распространены фамилии Косинцев, Косинов, что подтверждает версию об искажении. Скорее всего, при переписи или в церковных записях писарь записал фамилию на слух, добавив лишнее «ш» — и получилась редкая, почти уникальная форма Косишнева.