Фамилия Коскунакова — редкий случай, когда за привычным русским суффиксом -ов скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить окончание -а (женский род) и разобрать мужской вариант — Коскунаков.

Словообразовательная модель типична для фамилий народов Поволжья, Урала и Сибири: к тюркскому личному имени или прозвищу добавили русский патронимический суффикс -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, вероятно, был крещёным татарином, башкиром, казахом или представителем другого тюркоязычного народа, вошедшего в состав Российского государства. Сама основа «Коскунак» скорее всего восходит к мужскому имени Кос(ь)кунак или прозвищу с тем же корнем.

Здесь возможны два основных толкования. Первое: имя образовано от тюркских слов «кос» (парный, двойной) и «кунак» (гость). В таком случае Коскунак — это «двойной гость» или «гость, пришедший с парой (спутником)». Второе, не менее вероятное: основа связана с глаголом «коскун» — «перекочевывать», «сниматься с места». Тогда прозвище Коскунак могли дать человеку, который часто переезжал, кочевал, или тому, кто пришёл издалека. В тюркской ономастике такие имена-пожелания или имена-обстоятельства не редкость.

Географически фамилия Коскунакова встречается в основном в регионах с компактным проживанием тюркских народов — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у казахов, где фамилия может писаться как Коскунаков или Косқұнақов. Сословно предки Коскунаковых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми людьми (казаками или толмачами). Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй, так и на третий слог — КоскунАков или КоскунакОв. Это зависит от местной диалектной традиции и от того, на какой слог падало ударение в исходном тюркском имени. В русском языке более привычным выглядит вариант с ударением на суффикс — КоскунакОв, но носители фамилии часто произносят её по-своему, сохраняя родовой акцент.