Фамилия Костищева происходит от прозвища или мирского имени Костищ, которое, в свою очередь, образовано от слова «кость». В славянской традиции прозвища, связанные с частями тела, часто давали за внешность: Костищем могли назвать очень худого, костлявого человека, у которого, что называется, «кожа да кости». Реже в основе лежала профессия — косторез, человек, обрабатывающий кость для поделок или орудий труда, хотя для этого чаще использовали суффикс -арь (Костяр, Косторез).

Фамилия построена по типичной восточнославянской модели: основа Костищ- плюс суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Костища). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкой шипящей «щ», что фонетически безупречно. Мужской вариант — Костищев. Форма на -а — это женская ветвь рода (жена или дочь Костищева), закрепившаяся в документах как самостоятельная фамилия.

Сам корень «кость» в русских фамилиях встречается нечасто, но даёт интересный ряд: Костин, Костяев, Костяков. Костищев выделяется среди них редким суффиксом -ищ, который в древнерусском языке имел увеличительное или пренебрежительное значение. То есть Костищ — это не просто «кость», а «костища», крупная кость, что могло быть ироничным прозвищем для высокого, но худого человека. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели (Костищев, Костищева) не описаны как массовые, что подтверждает редкость фамилии.

Географически фамилия чаще всего встречается на юге России и в Поволжье, в частности в Волгоградской и Ростовской областях, а также на Украине. Это косвенно указывает на то, что прозвище Костищ могло бытовать в казачьей среде, где меткие и ёмкие прозвища были нормой. В дореволюционных переписях фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с дворянскими родами.

Поскольку фамилия редкая, точных сведений о её первых носителях в открытых источниках нет. Можно лишь предположить, что родоначальник Костищевых жил не позднее XVII века, когда на Руси массово закреплялись фамилии через суффикс -ев. Если вам встретится фамилия Костищев без «а» на конце — это та же семья, только мужская линия.