Фамилия Косткин в своей основе, скорее всего, имеет уменьшительную форму крестильного имени Константин — Костка. Это имя восходит к латинскому constans, что значит «твердый, постоянный». Однако, как это часто бывает с русскими фамилиями, возможны и другие, не менее интересные версии происхождения.

Суффикс -ин в фамилии Косткин — один из самых распространенных патронимических суффиксов в русском языке. Он указывает на принадлежность: Косткин буквально означает «сын Костки» или «человек из рода Костки». Этот суффикс характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, в отличие от суффикса -ов, который крепится к основам на согласный.

Прозвище Костка могло появиться не только от имени. В русских говорах «костка» — это не просто уменьшительное от «кость». В карточной среде так называли заядлого, страстного игрока, который «режется» в карты до костей. Есть и более прозаичная версия: костью называли бивни слона или моржа, материал для поделок. Тогда Косткой могли прозвать резчика по кости — мастера, делавшего гребни, пуговицы, шахматы и талисманы. Наконец, прозвище могло быть чисто внешним — так называли очень худого, костлявого человека.

Географически фамилия Косткин не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных и северных регионах России, где имя Константин было особенно популярно. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение, Косткин — типичная «простая» фамилия крестьян, мещан и посадских людей. В документах XVII–XVIII веков можно встретить упоминания крестьян Косткиных в писцовых книгах Новгородской и Вологодской губерний.