Фамилия Костокова — редкая и неочевидная. Чтобы понять её происхождение, придется отбросить поверхностные ассоциации (например, с костью) и присмотреться к суффиксальной части. Основа здесь — Косток-, а не Кост-. Это сразу указывает на то, что перед нами не прозвище от анатомического термина, а, скорее всего, производное от уменьшительной или искаженной формы имени.

Наиболее вероятная версия — связь с календарным именем Константин. В народной речи имя претерпело множество сокращений: Костя, Коста, Костюк, Косток. Форма Косток — это ласкательный или обиходный вариант, характерный для южнорусских и украинских говоров, где суффикс -ок встречается чаще. Тогда Костоков/Костокова — буквально «сын (или дочь) Костока», то есть потомок человека, которого в быту звали ласковым производным от Константина. Модель образования типична для русских фамилий на -ов/-ев, но встречается реже, чем привычный Костин или Константинов.

Существует и другая, менее распространенная гипотеза. В некоторых диалектах слово «косток» могло означать нечто хрупкое, сухое или даже скупого человека (от «костлявый» в переносном смысле). Однако эта версия слабее: во-первых, такое прозвище почти не фиксируется в исторических источниках, во-вторых, фамилии от прямых прозвищ с корнем «кост-» обычно выглядят как Костин, Костяев или Косточкин. Форма Костокова слишком специфична для чисто прозвищной основы.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к регионам, где были сильны украинские и южнорусские традиции именования — например, к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к Кубани. Встречается она и у осетин (как русифицированная форма фамилии Костоков), но в таком случае её корни уходят в местные имена, не связанные с Константином. Для русского уха фамилия звучит как типичная «окающая» фамилия, где ударение падает на второй слог — Костóкова.

Таким образом, с высокой долей уверенности можно считать, что фамилия Костокова образована от разговорной формы имени Константин. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из южных губерний России, где имя Косток бытовало как ласкательное обращение.