Фамилия Кострубин — одна из тех, что выдают корни владельца с первой же буквы: это украинское наследие, перешедшее в русскую фамильную систему. В основе лежит прозвище Коструба, хорошо известное в Малороссии. Слово «коструба» многозначно, и поэтому у фамилии сразу несколько возможных историй, причём все они описывают человека с яркой, заметной чертой.

Самое прямое значение прозвища — «неряха, грязнуля». Так могли называть неопрятного, неаккуратного человека, и в этой версии фамилия указывает на бытовую черту характера предка. Но есть и другой, менее очевидный смысл. В украинских говорах «кострубой» называли весеннюю обрядовую игру и девичьи пляски. Если прозвище дали по этому поводу, то его носителем мог быть либо ребёнок, родившийся в пору таких гуляний, либо взрослый весельчак и плясун.

Третье значение — «хищный, коварный». Оно встречается реже, но тоже фиксируется в диалектах. В этом случае прозвище Коструба получал человек с непростым, скрытным характером, которого остерегались. Какая из версий верна для конкретной семьи, уже не установить, но все они рисуют портрет не случайного прохожего, а личности с определённой репутацией.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Коструб- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кострубин, то есть сын или потомок Кострубы). Такая модель типична для фамилий, возникших от прозвищ на -а. В русском ономастиконе фамилия нечастотна, и её география в основном привязана к южнорусским и украинским регионам, откуда она расходилась с переселенцами. Других корней — не от прозвища, а от имени или профессии — у Кострубина нет, что делает её происхождение прозрачным и однозначным.