Фамилия Кострубин образована от прозвища Коструба, которое было широко распространено в Малороссии. В переводе с украинского слово «коструба» могло иметь несколько значений. Поэтому подобное прозвище мог получить человек хищный и коварный. Кострубой также именовали весеннюю игру, обрядовые девичьи пляски. Следовательно, так могли прозвать ребенка, родившегося в это время, либо веселого человека, плясуна. Еще одно значение слова «коструба» – «неряха, грязнуля». В этом случае прозвище, легшее в основу фамилии, указывало на определенные черты характера его обладателя: неопрятность и неаккуратность. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Коструба, со временем получил фамилию Кострубин.