Фамилия Костюковская образована от производной формы имени Константин — Костя. Имя Константин греческого происхождения, означает «стойкий, постоянный». В основе фамилии лежит не само имя, а его уменьшительно-разговорный вариант, что типично для восточнославянской антропонимии.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Константин → Костя → Костюк (сын Кости) → Костюковский (сын Костюка, внук Кости). Компонент -юк в середине фамилии — характерный украинский суффикс, указывающий на происхождение из украинских или южнорусских земель. Окончание -ский, напротив, польско-шляхетского типа, которое в XVII–XVIII веках активно перенимали на украинских и белорусских территориях, часто при оформлении фамилий священников или мелкой шляхты.

Фамилия Костюковская — женская форма, мужской вариант — Костюковский. Она относится к группе фамилий, которые фиксируют не только имя предка, но и его положение в роду: «чей сын, чей внук». Такие «отчества второго порядка» встречаются реже, чем простые отчества на -ов, и несут дополнительную информацию о семейной иерархии.

В истории православной церкви известно предание о братьях, носивших имя Константин и пострадавших за веру в VIII веке: за отказ перейти в мусульманство их утопили в 730 году. Однако прямая связь этого сюжета с фамилией Костюковская маловероятна — скорее всего, это общее напоминание о происхождении имени, не имеющее отношения к конкретному роду.