Фамилия Костюненко — типичный пример украинской фамилии, построенной по патронимической модели. Её основа — народная, обиходная форма крестильного имени Константин, а именно Костюня. Имя Константин имеет греческие корни и переводится как «стойкий, постоянный»; его носил, в частности, проповедник и мученик Константин Синадский, почитаемый как один из небесных покровителей имени.

Фамилию образовали с помощью характерного украинского суффикса -енко. В буквальном смысле Костюненко — «сын Костюни». Эта словообразовательная модель (основа на -я + суффикс -енко) была особенно распространена на Левобережной и Степной Украине в XVII–XVIII веках. Изначально такие фамилии указывали на прямую родственную связь: отца, носившего прозвище или уменьшительное имя, и его потомка. Со временем, когда фамилии закрепились, Костюненко перестало означать «чей-то сын» и стало родовым именем.

Интересно, что в отличие от более распространённых русских фамилий на -ов (Костюков, Константинов), украинская модель -енко сохранила форму имени в почти неизменном виде — без дополнительного притяжательного суффикса. Поэтому Костюненко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Гриценко (от Гриц, Грицько), Павленко (от Павло) или Тимошенко (от Тимош). Это не делает фамилию «менее интересной», а наоборот — прямо указывает на её региональное происхождение и бытовую языковую среду, где имя Константин звучало именно как Костюня.