Фамилия Костюненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Костантин. Крестильное мужское имя Константин в переводе с греческого на русский язык означает «стойкий, постоянный». В основе фамилии лежит народная форма этого имени – Костюня. Одним из святых покровителей этого имени считается проповедник, мученик Константин Синадский. Поэтому Костюненко буквально понималось как «сын Костюни».