Фамилия Костюнины — одна из тех русских фамилий, что образованы от разговорной формы крестильного имени. Её основа — имя Костюня, сокращённый вариант церковного Константин. В переводе с латинского Constantinus означает «постоянный, твёрдый, стойкий». На Руси это имя появилось вместе с христианством из Византии и было распространённым, потому что его носили римские императоры (вспомним Константина I Великого), византийские василевсы и римские папы. В народе громоздкое Константин быстро дробилось на множество уменьшительных форм: Костя, Коста, Костюня, Костюха. Именно от формы Костюня по модели «-ин» и пошла фамилия Костюнин.

Суффикс «-ин» в этой фамилии указывает на принадлежность: Костюнин буквально означает «сын Костюни». Такая модель (отчество в родительном падеже) — древнейшая для русских фамилий, она закрепилась в XV–XVII веках, когда фамилии на «-ин» получали люди, чьё имя или прозвище оканчивалось на гласный или мягкий согласный.

Интересно, что фамилия Костюнин — не единственная в этом гнезде. Однокоренные Костюков, Костюковин, Костюхин, Костяев образованы от тех же народных форм имени Константин. Но Костюнин выделяется тем, что его основа — не самая частая уменьшительная форма. Она могла бытовать в северных и центральных областях России, где были сильны традиции именно такого словообразования. Точное место и время возникновения фамилии сейчас установить сложно: процесс формирования фамилий был долгим и не всегда фиксировался письменно. Однако ясно, что фамилия Костюнины — не случайный набор звуков, а прямой потомок имени, которое на Руси носили и крестьяне, и купцы, и духовенство.