Фамилия Костюнин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Костюнин послужило церковное имя Константин. Фамилия Костюнин восходит к мужскому крестильному имени Константин (в переводе с латинского — «постоянный, твердый, стойкий»). Это имя носили императоры (самый известный — римский император Константин I Великий), короли, цари и римские папы. На Русь оно пришло из Византии после введения христианства. В основу фамилии Костюнин легла одна производных форм имени Константин — Костюня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Костюня, со временем получил фамилию Костюнин. О точном месте и времени возникновения фамилии Костюнин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Костюнин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.