Фамилия Костюни — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт географию происхождения. В отличие от массовых -ов/-ев и -ин, окончание -и (или -ы) указывает на северные и северо-западные русские земли — Архангельскую, Вологодскую, Вятскую губернии, а также на территории, где жили поморы. Такие фамилии, как Костюни, Долгих, Седых, образованы от родительного падежа множественного числа прилагательного: «из дома Костюни» — то есть из семьи, где главой был Костюня.

Основа фамилии — прозвище или уменьшительное имя Костюня. Оно напрямую связано с крестильным именем Константин (от лат. constans — «стойкий, постоянный»). В русской народной традиции имя дробилось на множество домашних форм: Костя, Костюк, Костюха, Костюша, Костюня. Последняя форма — с ласкательным суффиксом -ун(я) — типична для северных говоров, где любили уменьшительные имена с мягким окончанием. Таким образом, Костюня — это «маленький Константин», возможно, младший сын или ребёнок, которого так звали в семье.

Версия, что фамилия могла произойти от прозвища по занятию или внешности, слабая. Слово «костюня» не зафиксировано в словарях русских говоров как самостоятельное нарицательное — ни как название ремесла, ни как прозвище за костлявость. Если бы корень был связан с «костью», мы бы ждали форму Костин или Костяной, а не с суффиксом -ун-. Поэтому наиболее правдоподобно, что Костюни — это «константиновские» по происхождению.

Интересная деталь: фамилия Костюни стоит в форме множественного числа, что характерно для так называемых «фамилий-семейных прозвищ». В старину, если говорили «Костюни», это означало «семья Костюни» или «двор Костюни». Такие фамилии часто закреплялись за целыми родами в деревнях и не менялись по падежам — Костюни, Костюням, о Костюнях. Это делает фамилию живым отголоском древней северной традиции именования, где главным был не отдельный человек, а его род.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским — дворянские фамилии редко образовывались по такой модели. В переписных книгах XVII–XVIII веков на Русском Севере можно встретить крестьян с прозвищами Костюня, Костюнка, что подтверждает народное, нецерковное происхождение. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в Архангельской области и в среде потомков северян, переселившихся в другие регионы.