Фамилия Костюнова — женская форма, а её мужской вариант — Костюнов. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать основу. В русских фамилиях суффикс -ов указывает на принадлежность: чей? — Костюнов, то есть потомок человека по прозвищу или имени Костюн. Само слово «Костюн» — это разговорная, уменьшительная форма от канонического имени Константин (в народе — Костя). Такие усечённые варианты с суффиксом -юн (как Горюн, Верюн) встречались в северных и центральных говорах, где любили «обкатывать» имена до коротких прозвищ.

Корень «кост-» напрямую связан со словом «кость». Это открывает вторую, менее очевидную версию: прозвище Костюн могли дать человеку с заметной внешностью — худому, костистому, либо тому, кто работал с костью, например косторезу. В старину костяные изделия (гребни, пуговицы, накладки) ценились, и мастера получали прозвища по материалу. Такая версия правдоподобна, если семья жила в регионе, где был развит косторезный промысел, — например, в Холмогорах или в Подмосковье.

Фамилия Костюнова не относится к числу дворянских, она типично крестьянская или мещанская. В документах XIX века она встречается в Вологодской, Вятской и Костромской губерниях — как раз там, где имя Константин было популярно, а суффикс -юн в прозвищах — обычное дело. В переписях тех лет можно найти Костюновых среди государственных крестьян и ремесленников.

С точки зрения словообразования, фамилия редкая: параллельные формы — Костюков, Костюшин, Костяев — встречаются чаще, а Костюнов осталась локальной. Если ваш предок носил такую фамилию, скорее всего, он был либо потомком Константина, которого в быту звали Костюн, либо человеком с прозвищем, связанным с костью. Второй вариант даёт более яркую историю: возможно, ваш предок был косторезом или отличался худощавым телосложением, что и закрепилось в родовом имени.