Фамилия Костюнина образована от мирского имени Костюня — так в старину могли ласково называть человека, носившего крестильное имя Константин (от латинского constans — «стойкий, постоянный»). Модель типичная для русского Севера и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Костюнина — это «дочь или жена Костюни», а для мужчин — «потомок Костюни». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных областях, -ин характерен для северных говоров и прилегающих территорий. География фамилии это подтверждает: по данным переписей, Костюнины исторически сконцентрированы в Архангельской и Вологодской губерниях. Само имя Костюня — яркий пример народной адаптации канонического имени: от него же пошли фамилии Костин, Костюков, Костюшин, но форма Костюня с уменьшительным суффиксом -ун- звучит особенно тепло и по-домашнему. Крестьяне и ремесленники часто получали фамилии не от полного церковного имени, а от обиходного уличного прозвища — так Костюня, скорее всего, был не просто Константином, а человеком, которого в деревне все знали под этим простым и звучным именем.