Фамилия Костюнькина — женская форма фамилии Костюнькин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит имя или прозвище Костюнька. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Константин (в переводе с латыни — «стойкий, постоянный»). Суффикс -юньк- здесь необычен: в русской антропонимии он встречается реже, чем стандартные -еньк- или -ечк-. Такая форма могла возникнуть в диалектах, где мягкие варианты имён (типа Костюня, Костюха) были особенно распространены.

Фамилия образована по модели «имя + -ин», что типично для русских фамилий, указывающих на принадлежность: «чей?» — Костюнькин, то есть сын, внук или потомок Костюньки. Второй суффикс -к- в основе также характерен для северных и центральных говоров, где охотно использовали деминутивы с оттенком ласки или фамильярности. Поэтому предки носительницы фамилии могли жить в регионах с такими речевыми привычками — например, в Псковской, Новгородской или Вологодской областях.

По сословной принадлежности Костюнькины, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -ин, образованные от просторечных форм имени, редко встречались у дворянства, которое предпочитало книжные варианты (Костин, Константинов). В документах XVII–XIX веков можно встретить вариации написания: Костюнькин, Косюнькин, Костюнкин — из-за нестабильной записи в метрических книгах.

Интересно, что фамилия Костюнькина не имеет отношения к украинскому «костюнька» (уменьшительное от костюм, одежда), как иногда ошибочно предполагают. Имя Константин в народной среде давало множество производных: Костя, Костюк, Костюра, Костюша — и Костюнька стоит в этом ряду как редкий, но органичный вариант. Если в семье сохранились устные предания о происхождении, их стоит сравнить с этой версией: часто фамилии на -ин закреплялись за конкретной деревней или родом.

Сегодня фамилия Костюнькина встречается нечасто, что делает её ценной для генеалогического поиска — узкий ареал бытования упрощает восстановление родословной.