Фамилия Костюнькин — одна из тех, что рассказывает о предке не по роду занятий, а по имени. В её основе лежит уменьшительная форма от крестильного имени Константин — Костюня. В русской народной традиции имя Константин сокращали по-разному: Костя, Костюха, Костюша, а Костюня — ласковый вариант, характерный для северных и центральных губерний. Именно от этого прозвища и пошла фамилия.

Модель образования проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Костюнькин буквально означает «чей?» — сын Костюни, потомок человека, которого в быту звали Костюней. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ и названий профессий, и она одна из самых распространённых. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в южных регионах, -ин более характерен для севера и северо-востока Руси.

Интересно, что фамилия Костюнькин встречается реже, чем однокоренная Костюков или Костюшин. Это говорит о том, что форма Костюня была менее популярна, чем, скажем, Костюк (с украинским суффиксом) или Костюха. Возможно, носители фамилии происходят из местности, где говор был более ласкательным или где имя Константин давали не слишком часто. В современных телефонных справочниках Костюнькины встречаются разрозненно, без ярко выраженного гнезда, но чаще — в Вологодской, Костромской и Кировской областях, что подтверждает северное происхождение.

Сословной привязки у фамилии нет. Костюнькиными могли быть и крестьяне, и мещане, и священники — всё зависело от того, кто именно носил имя Костюня. В документах XVII–XVIII веков попадаются записи о крестьянах Костюнькиных из Архангельского уезда, что тоже укладывается в северную географию. Фамилия недвусмысленно говорит: предок был просто Костюня, и это имя закрепилось за его родом без дополнительных прозвищ или ремесленных уточнений.