Фамилия Костюнин восходит к мужскому крестильному имени Константин (в переводе с латинского — «постоянный, твердый, стойкий»). Это имя носили императоры (самый известный — римский император Константин I Великий), короли, цари и римские папы. На Русь оно пришло из Византии после введения христианства. В основу фамилии Костюнин легла одна производных форм имени Константин — Костюня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Костюня, со временем получил фамилию Костюнин. Основой фамилии Костюнин послужило мирское имя Костюня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Костюня, со временем получил фамилию Костюнин.