Фамилия Костюник образована от имени или прозвища Костюн. В основе лежит каноническое имя Константин (от латинского constans — «стойкий, постоянный»), которое в народной речи дало множество сокращенных и обиходных форм: Костя, Кость, Костюк, Костюня, Костюн. Суффикс -юн в прозвище Костюн — характерная черта юго-западных русских говоров и украинского языка, где такие формы выражали ласку или принадлежность к младшему поколению. Таким образом, Костюник — это буквально «сын Костюна» или «потомок человека по прозвищу Костюн».

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ик. Это типичный украинский и белорусский патронимический суффикс, соответствующий русскому -ов/-ев или -ин. В отличие от фамилий на -енко (тоже украинских, но более поздних и массовых), фамилии на -ик чаще фиксируют прозвище отца в неизменной форме и могли возникнуть раньше — в XVI–XVII веках. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Костюнов или Костюнин; украинский вариант Костюник прямо указывает на регион происхождения — скорее всего, Волынь, Подолье или Галиция.

Встречаются и однокоренные фамилии: Костюк, Костюченко, Костюков. Но Костюник стоит особняком — он редкий. В современных базах данных носители этой фамилии рассеяны по Украине, Беларуси и западным областям России, что подтверждает её западнорусские корни. Никакого отношения к слову «кость» фамилия не имеет, несмотря на внешнее сходство: народная этимология тут ошибочна.

Точных сведений о сословной принадлежности первых Костюников нет. Скорее всего, это были крестьяне или казаки: фамилии на -ик редко встречались у дворянства, которое предпочитало модели на -ский или -ов. Но именно такие «простые» фамилии лучше всего сохраняют живую народную речь и историю семей, не попавших в официальные родословные книги.