Фамилия Костюникова образована от мужского имени Константин. В переводе с греческого оно означает «стойкий, постоянный», но в народной речи имя звучало иначе. От разговорной формы Костюня и появилась основа фамилии.

Обратите внимание на суффикс -ик. Он характерен для украинской и белорусской традиции образования фамилий. Сначала возникла форма Костюник — так на Украине или в Белоруссии называли человека, которого в семье или в округе знали как Костюню. Когда носитель этой фамилии переехал в Россию, произошла русификация: к основе добавили типичный русский суффикс -ов (в женском роде -а). Так Костюник превратился в Костюникова.

Появление фамилии от народной, а не церковной формы имени — верный признак того, что основатель рода принадлежал к простому сословию. Крестьяне и ремесленники редко пользовались полным именем Константин, чаще сокращали его на бытовой лад. Так что предки Костюниковых были, скорее всего, людьми незнатными, но с крепким, «стойким» именем.