Крестильное мужское имя Константин в переводе с греческого на русский язык означает «стойкий, постоянный». В основе фамилии лежит народная форма этого имени – Костюня. Скорее всего, основатель рода Костюниковых был человеком из простого сословия. Вероятно, фамилия Костюникова изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -ик. Со временем род Костюниковых переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса –ов(-а).