Фамилия Ковтанников — один из тех редких случаев, когда корень слова не лежит на поверхности и не имеет очевидных параллелей в современном русском языке. В основе лежит прозвище или мирское имя Ковтан, а суффикс -ников указывает на принадлежность к сыну или потомку человека с таким прозвищем. Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVII–XVIII веков: сначала появилось прозвище, затем отчество на -ов/-ев, а потом фамилия на -ников, которая закрепилась за родом.

Этимология корня «ковтан» неоднозначна, и ономасты обычно предлагают две версии. Первая связывает слово с диалектным глаголом «ковтать», который в некоторых говорах означал «глотать», «жадно есть». Прозвище Ковтан могли дать человеку с хорошим аппетитом или, наоборот, тому, кто ел торопливо и неаккуратно. Вторая версия отсылает к тюркским языкам, где «ковтан» или «кафтан» — вид верхней одежды. В этом случае прозвище могло относиться к портному, торговцу одеждой или к человеку, который постоянно носил кафтан определённого покроя. Правдоподобнее выглядит первая версия, так как в русской антропонимии прозвища от глаголов, описывающих поведение, встречаются гораздо чаще, чем от названий одежды, но полностью исключать тюркский след нельзя — особенно если фамилия бытовала в южных регионах.

Географически фамилия Ковтанников редкая. Основные очаги её бытования — юг России (Ростовская область, Краснодарский край) и восток Украины. Это может указывать на происхождение из казачьей среды или из крестьян, переселившихся в XIX веке на свободные земли. В дореволюционных переписях фамилия встречается эпизодически, что подтверждает её локальный характер и относительно позднее оформление.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Ковта́нников), так и на третий (Ковтанни́ков). Второй вариант более привычен для русского уха, но первый, с ударением на «а», ближе к исходному прозвищу. В документах XIX века встречаются варианты написания «Кавтанников» — это следствие акающего произношения, когда безударное «о» звучало как «а», но на письме не всегда исправлялось. Такие колебания характерны для фамилий, которые долго бытовали в устной форме и записывались со слов.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается по единому шаблону: среди Ковтанниковых были и крестьяне, и мещане, и казаки. Фамилия не принадлежала дворянству, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах. Таким образом, предки современного Ковтанникова — скорее всего, люди из простонародья, получившие прозвище за манеру есть или за род занятий, и осевшие на южных окраинах России.