Фамилия Ковтаников — редкая, и её разговор упирается в неочевидную основу. Если отбросить типичный русский суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Ковтаников), остаётся корень «ковтан-». Скорее всего, это не чисто славянское слово, а заимствование, переосмысленное на русской почве.

Первая и самая правдоподобная версия ведёт к тюркским языкам. В них «ковтан» или «кавтан» — это халат, верхняя одежда (в русском языке слово закрепилось как «кафтан»). Человек, которого прозвали Ковтан (или Кавтан), мог носить такой халат, шить его или торговать им. Суффикс -ик в середине фамилии — уменьшительный или указывающий на лицо по действию: Ковтаник — «тот, кто имеет отношение к кафтану» (мастер, продавец). Тогда Ковтаников — буквально «сын Ковтаника», внук человека, связанного с кафтаном.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа от диалектного глагола «ковтать» (глотать, хватать ртом) или от имени собственного. В старых псковских и новгородских говорах «ковтать» означало «глотать», и прозвище Ковтан могли дать быстро говорящему или прожорливому человеку. Однако суффикс -ик в таком значении встречается реже, обычно образуют фамилии напрямую: Ковтанов.

Географически фамилия Ковтаников тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где было сильное тюркское влияние и где слово «кафтан» в быту звучало как «ковтан». Встречается она и на Украине, в варианте Ковтанюк или Ковтаненко, что подтверждает связь с ремеслом или одеждой.

Сословного барьера у фамилии нет: прозвище могли дать и крестьянину, и посадскому ремесленнику. После отмены крепостного права фамилия закрепилась за потомками того самого Ковтана или Ковтаника, а суффикс -ов сделал её стандартной русской фамилией. Никакой путаницы с дворянством или духовенством — перед нами бытовая, «ремесленная» фамилия, каких тысячи.