Фамилия Ковтушенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели: основа плюс суффикс -енко. Этот суффикс, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», превращал личное имя или прозвище отца в фамилию для детей. Ковтушенко буквально значит «сын Ковтуша», где Ковтуш — это уменьшительная или обиходная форма от прозвища Ковтун.

Корень фамилии — слово «ковтун». В украинском и белорусском языках ковтуном называли спутанные, свалявшиеся волосы, колтун. В народной медицине колтун считали болезнью, иногда даже «знакомой», которую не расчёсывали, чтобы не навлечь беду. Прозвище Ковтун могли дать человеку с неопрятной, спутанной шевелюрой, либо, по суевериям, тому, кто носил колтун намеренно. Встречается и другая версия: в некоторых говорах «ковтун» означало упрямого, вздорного человека. Так что основа фамилии — не имя, а прозвище, описывающее внешность или характер.

С точки зрения географии, фамилия Ковтушенко и её варианты (Ковтун, Ковтунович, Ковтунец) плотнее всего распространены на востоке Украины, в Слобожанщине и Полтавщине. Это область активного использования суффикса -енко, который в XVII–XVIII веках закреплялся как фамильный, вытесняя отчества. В России фамилия встречается реже, обычно у потомков переселенцев с Украины.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко, которые часто образовывались от крестильных имён (Иван — Иваненко), Ковтушенко стоит в ряду прозвищных фамилий. Это сближает её с такими однокоренными фамилиями, как Ковтун, Ковтунов, Ковтунович. «Ковтун» — более старая форма, а Ковтушенко — более поздняя, «патронимическая» версия той же основы. Сословной принадлежности фамилия не указывает: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В реестрах запорожских казаков встречаются носители прозвища Ковтун, что подтверждает давнее бытование этого корня в украинской среде.