По одной из версий, фамилия Койчубаева образована от тюркского прозвища, состоящего из сочетания «kochu bej», т.е. «маленький господин». Существует другая версия происхождения фамилии Койчубаева. Согласно ей, эта фамилия восходит к словосочетанию «koch bej», т.е. «кочевой князь». Наконец, нельзя исключить, что в основе этой фамилии лежит прозвище Кичубай, что в переводе означает «глава переправы». В древности так называли человека, руководившего переправами (в поселениях, расположенных на берегах крупных рек). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Койчубаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.