Фамилия Койшубаева — женская форма, а мужской вариант Койшубаев — образована по самой распространенной в русском языке модели с суффиксом -ев. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Койшубаев, то есть потомок человека по имени или прозвищу Койшубай.

Основа фамилии — тюркское составное имя Койшубай. Оно, скорее всего, состоит из двух частей: «кой» и «шубай». «Кой» в тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) часто означает «овца», но в именах может иметь переносный смысл — «богатство», «достаток», так как овцы были основой кочевого хозяйства. Вторая часть, «шубай», менее прозрачна. Возможно, это вариант имени Шубай или Шуба — старинное тюркское личное имя, которое могло означать «подарок» или «дар». Есть и другая версия: «шубай» могло быть прозвищем, связанным с названием одежды (шуба), но для антропонимики это менее типично.

Таким образом, имя Койшубай, от которого пошла фамилия, могло значить «богатый, как овца» (то есть обладатель большого стада) или «подарок, приносящий достаток». В любом случае, оно связано с пожеланием благополучия и материального изобилия.

Географически фамилия Койшубаева чаще всего встречается в Казахстане и среди казахов, а также у народов, исторически связанных с тюркским миром (башкиры, татары). Носители фамилии — потомки людей, живших в условиях кочевого или полукочевого скотоводства, где имя, отражавшее количество скота, было понятным и ценным. Это не дворянская и не крестьянская фамилия в привычном русском понимании: она возникла в среде, где родовая принадлежность и прозвище отца были важнее сословных титулов.

Интересная деталь: в написании фамилии сохранился тюркский формант -бай, который в составе русских фамилий часто превращался в -беев или -баев, но здесь остался почти без изменений, что указывает на относительно позднее оформление фамилии по русскому образцу — вероятно, в конце XIX — начале XX века, при переписях населения.