Фамилия Койшыбаева — женская форма казахской фамилии Койшыбаев. В основе лежит мужское личное имя Койшыбай, которое в тюркской ономастике разбирается на две части. Первая часть, «койшы», означает «пастух» (от слова «кой» — овца). Вторая часть, «бай», в казахском языке употребляется как титул или почётное обращение, обозначающее богатого, уважаемого человека, хозяина. Таким образом, имя Койшыбай буквально переводится как «богатый пастух» или «господин пастухов». В кочевой культуре скотоводство было основой жизни, поэтому прозвище, связанное с пастушеством, не было унизительным — оно указывало на занятие, которое кормило род.

Фамилия образована по типичной для казахских фамилий модели: к основе Койшыбай добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких согласных). Этот способ закрепился в XIX–XX веках, когда казахские имена и прозвища адаптировались под русскую делопроизводственную систему. Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду по отцу или мужу.

Если рассматривать географию, фамилия Койшыбаева распространена прежде всего в Казахстане, особенно в южных и западных регионах, где традиционно занимались овцеводством. Встречается она и в сопредельных странах Центральной Азии, но реже. Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев/-ов указывает на прямое родство по отцу, в казахской среде фамилия Койшыбаев могла закрепиться не за одним человеком, а за целым родом или аулом, где предка звали Койшыбаем. Поэтому носители фамилии не обязательно прямые потомки конкретного пастуха — это может быть родовое имя, перешедшее в фамилию.