Фамилия Койшибаевы происходит от тюркского имени или прозвища Койшибай. Разобрать её несложно: в основе лежат два слова. Первое — «койши», что с казахского переводится как «пастух». Второе — «бай», означающее «господин, хозяин, богатый и влиятельный человек». Буквально имя Койшибай можно понять как «состоятельный пастух», но смысл, скорее всего, глубже: «хозяин пастухов» или «владелец пастбища». То есть прозвище указывало не на рядового работника, а на человека, который распоряжался скотом и людьми, — на зажиточного скотовода или старшего над пастухами.

Сама фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к основе Койшибай. Такая модель типична для фамилий, возникших от тюркских имен: она указывает на принадлежность роду Койшибая («чей?» — Койшибаевы). Исторические корни фамилии уходят в XV–XVII века — время активных контактов русских земель с тюркскими народами, в том числе с выходцами из Золотой Орды, печенегами и половцами. Многие нерусские по происхождению люди входили в состав российского дворянства, и их имена, превращаясь в фамилии, закреплялись в документах.

Интересная деталь: в реестре 1756 года упоминается именование Койша, которое, вероятно, является сокращённой формой того же имени Койшибай. Это показывает, что основа бытовала в живой речи и письменных источниках уже в XVIII веке. Фамилия Койшибаев — не просто родовое имя, а памятник восточной культуры, сохранивший в себе и социальный статус предка, и язык, на котором он говорил.