Фамилия Койшиев — редкий случай, когда разбор упирается не в славянскую, а в тюркскую ономастику, и это определяет всё её происхождение. Основа здесь — тюркское личное имя Койши, которое, в свою очередь, образовано от двух компонентов: «кой» (овца, баран) и аффикса «-ши», обозначающего профессию или занятие. Таким образом, Койши — это «пастух овец» или «овцевод». Фамилия, стало быть, указывает на род занятий предка: не просто скотовод, а человек, специализировавшийся именно на овцах, что в кочевых и полукочевых хозяйствах было делом конкретным и уважаемым.

Суффикс «-ев» в окончании — типичный русский патронимический формант, который добавляли к тюркским основам при оформлении фамилий в XIX–XX веках, особенно в среде казахов, башкир, татар и других народов, контактировавших с русской административной системой. Без этого суффикса форма осталась бы просто именем или прозвищем — Койши. Фамилия Койшиев буквально значит «сын (или потомок) Койши». Встречается она преимущественно у казахов, реже — у башкир и ногайцев, что подтверждает её степное, скотоводческое происхождение.

Интересно, что в тюркской среде такие «профессиональные» прозвища часто становились родовыми именами ещё до введения обязательных фамилий. Койши — не просто пастух, а человек, чья семья веками пасла овец, знал маршруты перекочёвок и тонкости ухода за отарой. В русском контексте фамилия осталась редкой: её носители — это, скорее всего, потомки тех, кто в советское время переехал в города или сменил занятие, но сохранил память о предке-овцеводе. Других версий — от арабских корней или случайного созвучия — не существует, этимология прозрачна и не требует натяжек.