Фамилия Койшибаева — яркий пример того, как русская модель фамилии (суффикс -ев) накладывается на тюркское имя. Её основа — мужское имя Койшибай, которое до сих пор встречается у казахов, каракалпаков и некоторых других тюркских народов. Разбирать фамилию по частям стоит именно с этого имени, а не с поиска корня в русском языке.

Имя Койшибай составное. Первая часть, «койши», восходит к тюркскому «кой» — овца. В казахском языке «койшы» — это пастух овец, чабан. Вторая часть, «бай», в тюркских языках означает «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, Койшибай — это «богатый пастух» или «хозяин овец». Имя не столько указывало на род занятий, сколько было пожеланием или характеристикой: предок, получивший такое имя, вероятно, был зажиточным скотоводом, владельцем больших отар.

Фамилия образована по русскому патронимическому принципу: к имени отца (Койшибай) добавили суффикс -ев, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Койшибаев). Окончание -а — это женский вариант фамилии, который в русской традиции закрепляется за женщинами. То есть Койшибаева — это «дочь или жена Койшибая».

Географически фамилия почти наверняка привязана к Казахстану, реже — к соседним регионам (Оренбургская, Астраханская области России, где исторически жили казахи). Среди русских или других славянских народов эта фамилия не встречается. В отличие от многих тюркских фамилий, которые заканчиваются на -ов/-ев, здесь нет суффикса -ин, что типично для фамилий, образованных от основ на согласный.

Интересная деталь: имя Койшибай — не единичное. В казахском ономастиконе есть целая группа имён с корнем «кой»: Койбагар, Койшыман, Койшыбек. Все они так или иначе связаны с овцеводством — основой кочевого хозяйства. Фамилия Койшибаева, таким образом, несёт в себе память о степном быте, где богатство измерялось не деньгами, а количеством скота.