Фамилия Койносов — редкий случай, когда прозвище-основа не имеет очевидных славянских корней. Исходное слово «Койнос» большинство исследователей связывают с языком коми: «кöйнöс» переводится как деревянная посуда, кадушка. Если верна эта версия, прозвище было профессиональным — так в северных деревнях могли называть мастера-бондаря или резчика по дереву, делавшего кадки, ушаты и другую домашнюю утварь.

Однако есть и вторая, географическая гипотеза. В Лешуконском районе Архангельской области стоит село Койнос. Жителей таких мест в старину нередко именовали по названию родного села, особенно если они переселялись. Выходец из Койноса получал прозвище Койнос, а его потомки становились Койносовыми. Обе версии не противоречат друг другу: мастер из того самого села мог совмещать обе характеристики.

Фамилия образована по стандартной русской модели на -ов, то есть «чей?» — Койносов, сын или потомок Койноса. Патронимический суффикс здесь присоединён к основе, которая и так заканчивается на твёрдый согласный, поэтому форма простая и регулярная. Фамилия редкая, её ареал, скорее всего, связан с Русским Севером и прилегающими территориями, где коми-зырянские и русские говоры веками пересекались.

В словарях русских фамилий Койносов не упоминается так же часто, как, скажем, Кузнецов или Попов, но именно эта редкость и делает её ценной для локальной истории: она почти наверняка указывает на конкретный уголок Архангельской области или Коми края.