Фамилия Койнова образована от мужского прозвища Койун. В её основе лежит тюркское слово «koyun», которое одновременно означало и «баран, овца», и «пазуха, объятие». Такая двойственность значения породила две основные версии происхождения прозвища.

По первой версии, Койуном прозвали зажиточного скотовода, владельца больших отар овец. Для тюркских народов овцы были основой хозяйства, поэтому прозвище, указывающее на богатство и статус, было естественным. По второй версии, так могли назвать человека радушного, открытого, готового принять любого гостя — то есть того, кто «распахивает объятия». Эта версия менее распространена, но тоже имеет право на существование, так как тюркские прозвища часто давались по чертам характера.

Менее вероятна связь фамилии с термином «койне» — так называют общегреческий язык, сложившийся в эллинистическую эпоху. Это слово не имеет отношения к восточнославянской антропонимической модели, по которой образована фамилия.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Койн- (усечённая форма от Койун) добавили суффикс -ов-, а затем женское окончание -а. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Койнова — буквально «дочь или жена Койуна». Такая модель массово закрепилась в русских фамилиях в XVI–XVII веках, когда тюркские прозвища и имена активно входили в обиход служилых людей и крестьян южных и восточных регионов.

Фамилия Койнова встречается в Поволжье и на Урале, в зонах активных контактов славянского и тюркского населения. В таких регионах, как современные Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, фамилии с основой от «койун» — не редкость. Мужская форма — Койнов — фиксируется в документах с XVIII века, что подтверждает укоренённость фамилии в среде казачества и государственных крестьян.

Таким образом, фамилия Койнова — это не просто родовое имя, а след многовекового соседства и взаимовлияния русской и тюркской культур, где за бытовым прозвищем стоит либо конкретный род занятий, либо характер человека.