Фамилию Койшибекова проще всего разобрать, если отбросить суффикс -ова и посмотреть на мужскую форму — Койшибеков. Перед нами типичная тюркская фамилия, образованная по русской модели: к основе прибавили патронимический суффикс -ов (в женском варианте -ова). Но сама основа — Койшибек — сложнее и интереснее.

Койшибек — это составное имя, распространённое у тюркоязычных народов Центральной Азии, особенно у казахов и киргизов. Первая часть, «Койши», означает «пастух овец» (от тюркского «кой» — овца). Вторая часть, «бек», — это титул, означающий «господин», «князь», «владыка». Получается, что имя Койшибек буквально переводится как «пастух-господин» или «князь-пастух». На первый взгляд сочетание парадоксальное, но в кочевой культуре это не редкость: такие имена давали с пожеланием, чтобы ребёнок был одновременно и трудолюбивым, как простой пастух, и уважаемым, как бек.

Фамилия Койшибекова могла возникнуть двумя путями. Первый — отчество от имени Койшибек: сын Койшибека стал Койшибековым. Второй — прозвищный: если отца звали просто Койши (пастух), а его потомки добавили к прозвищу титульный компонент «бек», чтобы подчеркнуть родовитость или просто для благозвучия. В любом случае, носитель фамилии — потомок человека, которого в своё время назвали Койшибеком.

С точки зрения географии, фамилия почти наверняка указывает на казахское или киргизское происхождение. В русской среде она не встречается. Сословный статус предков мог быть разным: от зажиточных скотоводов до родовых старшин, но в любом случае речь идёт о кочевом или полукочевом быте. Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов присоединялся к полному имени, здесь основа сохранила тюркскую структуру без русификации — Койшибек, а не, скажем, Койшибековский. Это говорит о том, что фамилия оформилась уже в XIX–XX веках, когда русская администрация фиксировала тюркские имена «как слышала».