Фамилия Койшигулова — яркий пример фамилии, образованной от тюркского составного имени. Её основа восходит к казахскому или башкирскому мужскому имени Койшигул, которое состоит из двух частей: «койши» (пастух, овцевод) и «гул» (цветок, раса, происходящий от персидского «голь»). В буквальном смысле имя можно перевести как «пастух-цветок» или «цветок пастуха», но в тюркской антропонимии такие соединения часто не несут прямого бытового смысла, а служат благопожеланием. Компонент «гул» в именах (Гульмира, Гульнара, Койшигул) указывал на красоту, ценность, желанность ребёнка. Таким образом, Койшигул — это «драгоценный, как цветок, пастух» или, скорее, пожелание мальчику быть одновременно работящим и прекрасным.

Суффикс «-ова» — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. В среде казахов, башкир, татар и других народов, вошедших в состав Российской империи, фамилии часто русифицировали, добавляя окончания -ов/-ев или -ин к отцовскому имени. Койшигулова — женская форма фамилии; мужская — Койшигулов. Это значит, что предок носителя или носительницы фамилии по мужской линии носил имя Койшигул.

Географически фамилия встречается преимущественно в Казахстане, в меньшей степени — среди башкир и татар в Оренбургской, Челябинской областях России. С точки зрения социального происхождения, предки Койшигуловых, скорее всего, были скотоводами, чабанами — людьми, чья жизнь была тесно связана с овцеводством. Имя Койшигул не было аристократическим или княжеским, оно типично для простых кочевников, для которых «койши» — уважаемое, хотя и не знатное, занятие.

В отличие от многих русских фамилий, которые образовались от крестильных имён (Иван → Иванов), Койшигулова сохранила дотюркскую языческую традицию имянаречения, где имя давалось по роду деятельности или с пожеланием. Фамилия эта сравнительно редкая, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: она сразу указывает на этническую и профессиональную среду предка, жившего, вероятно, в XVIII–XIX веках в степных районах Центральной Азии или Южного Урала.