Фамилия Козененко — яркий пример украинской модели образования фамилий, где суффикс -енко указывает на происхождение от отца или его прозвища. В украинской ономастике суффикс -енко был настолько продуктивным, что к XIX веку стал главным маркером фамилии «малороссийского» происхождения, вытеснив многие другие формы. В основе фамилии лежит имя или прозвище Козеня.

Слово «козеня» в украинском языке означает «козлёнок». Прозвище могли дать человеку по внешнему сходству — за юркость, бойкость, непослушание или, наоборот, за бородку и курчавость. Однако есть и другой, более вероятный путь. Козеня — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Козьма (в украинском произношении — Кузьма). Такое «усечение» с добавлением суффикса -еня типично для украинской народной речи: Козьма → Козеня, аналогично тому, как от имени Григорий образовывали Гриценя. Таким образом, Козененко буквально означает «сын Козени», то есть потомок человека, которого в быту звали Козеней (Кузьмой или «козлёнком»).

Географически фамилия Козененко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине. В России встречается реже, преимущественно в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Интересно, что в старых метрических книгах можно встретить и форму «Козиненко» — с чередованием е/и, что отражает местное аканье или особенности говора.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических фигур, но это не делает её менее показательной. Козененко — типичная фамилия казацкой старшины или зажиточных крестьян, которые в XVII–XVIII веках, при закреплении фамилий, фиксировали своё родовое прозвище. Сегодня фамилия остаётся довольно редкой, что говорит о компактном ареале её происхождения.