Фамилия Козенина — один из тех случаев, когда внешне понятная основа скрывает неочевидную историю. На первый взгляд, она образована от прозвища Козёл или Коза, но суффикс -енин указывает на иную, более редкую модель. В русской ономастике суффикс -енин (в женском варианте -енина) часто встречается у фамилий, образованных от названий населённых пунктов. Например, Козенино — деревня или село, от названия которого и пошла фамилия. То есть предок носителя фамилии Козенина был выходцем из места с таким именем, а сама фамилия отвечала на вопрос «откуда?»: «из Козенина». Это отличает её от гораздо более распространённых Козловых или Козиных, где основа — прямое прозвище.

Если же отталкиваться от прозвищной версии, то суффикс -енин встречается в фамилиях, образованных от названий животных или птиц с дополнительным оттенком принадлежности: «козенин» могло означать «сын Козена» (где Козен — уменьшительное от Козёл) или «принадлежащий козе». Однако эта версия менее вероятна: для таких случаев русский язык обычно использовал суффиксы -ов/-ев или -ин (Козлов, Козин). Поэтому географическая версия — основная.

Само название Козенино, как и многие русские топонимы, скорее всего, происходит от прозвища или фамилии первопоселенца. Если в основе лежит слово «козёл», то это могло указывать на особенности местности (например, место, где пасли коз) или на характер человека, которого прозвали Козлом за упрямство или внешность. Но возможен и другой корень: в северных говорах «козень» или «козён» — это вид гриба, а в некоторых диалектах так называли копну сена. То есть фамилия может быть связана с сенокосом или лесными промыслами.

Ударение в фамилии Козенина, скорее всего, падает на второй слог — Козе́нина, что соответствует модели оттопонимических фамилий (сравните: Вязе́нин, Луженина). Встречающийся вариант с ударением на первый слог (Ко́зенина) — возможный, но более редкий, он сближает фамилию с прозвищными формами.

В исторических документах фамилия фиксируется преимущественно в центральных и северных губерниях России, особенно в Вологодской, Костромской и Ярославской областях. Именно там распространены топонимы с корнем «коз-»: деревни Козенино, Козениха, Козенки. Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии на -енин от названий деревень типичны для непривилегированных сословий.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает лучше понять уникальность Козениной. Козлов — самая массовая фамилия, Козин — тоже не редкость, а вот Козенин и Козенина встречаются значительно реже. Это говорит о том, что фамилия не потерялась в массе однотипных образований, а сохранила привязку к конкретному месту, давшему ей имя. Так что для обладателя фамилии Козенина ключ к прошлому — не столько в прозвище предка, сколько в карте: где стояла та самая деревня, откуда пошёл род.