Фамилия Козенец — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот значение основы допускает несколько толкований. В отличие от распространённых фамилий на -ов и -ин, суффикс -ец сразу указывает на связь с местностью: так называли человека, который откуда-то родом или где-то жил. В данном случае основа «Козен-» может отсылать к названию населённого пункта — например, к деревне Козено или Козеницы, которых немало в Беларуси, на западе России и в Польше. Выходец из такого места становился Козенцем, то есть «козенским».

Сложность в том, что топоним Козено мог произойти и от прозвища Козёл (через притяжательную форму «Козен» — «сын Козла»), и от диалектного слова «козён» — так в некоторых говорах называли козла или козлёнка. Если фамилия возникла не от названия деревни, а напрямую от прозвища, то Козенец — это «сын Козла» или просто «козлёнок», прозвище, данное человеку с упрямым, бодливым характером или, возможно, пастуху коз. Такая модель образования (основа + -ец) характерна для украинских и белорусских фамилий, где -ец часто заменяет русское -ов.

В польской ономастике фамилия Kozieniec встречается в записях с XVI века, и там её связывают с топонимом Козенице (Kozienice) — городом в Мазовецком воеводстве. В Российской империи носители фамилии Козенец фиксировались в основном в западных губерниях: Могилёвской, Витебской, Киевской, а также среди казачества на Кубани. Это подкрепляет версию о западнорусском или украинском происхождении.

Таким образом, у Козенца два равноправных пути: либо предок был «козенским» — пришлым из села Козено, либо его прозвали за сходство с козлом. Оба корня уходят в народную речь и топонимику, и выбрать что-то одно без конкретной родословной записи невозможно. В любом случае, фамилия эта нечастая, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, разошедшейся по разным регионам.