Фамилия Кожальцова — редкая, и её разговорная форма (с суффиксом -ов, а не -ин) сразу подсказывает, что в основе лежит не женское имя, а прозвище или название. В центре — корень «кожал-», который почти не встречается в современных словарях. Самое вероятное объяснение: это вариант прозвища «Козёл» или «Кожаный», но с диалектным искажением. В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, слово «козёл» могло звучать как «кожал» — с заменой «з» на «ж» под влиянием местного произношения (ср. «дежа» вместо «дежа», «кожан» вместо «козан»). Если так, то Кожальцов — потомок человека, которого прозвали Кожалом, то есть Козлом. Прозвище Козёл в старину давали не только за упрямство или бороду, но и за необычную походку, прыгучесть или даже за то, что человек пас коз.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом. Слово «кожал» могло быть местным названием кожевника или мастера по выделке кож (ср. «кожемяка»). Тогда Кожальцов — сын кожевника, Кожала. Однако в официальных документах такая форма почти не зафиксирована, так что гипотеза с прозвищем надёжнее.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от мужских прозвищ на твёрдый согласный: Кожал → Кожальцов (с беглым гласным «о» в суффиксе). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и могла возникнуть в регионах, где говорили с «оканьем» и смягчали согласные — например, в Вологодской, Архангельской или Костромской губерниях. Встречается она и сегодня, но крайне редко: по открытым данным, носители живут в основном в центральной России и на Урале. Спорных версий здесь немного — корень слишком необычен, чтобы притягивать за уши тюркские или финно-угорские заимствования. Всё упирается в русскую диалектную фонетику.