Фамилия Кожнина — женская форма, образованная от мужской Кожнин. В основе лежит не ремесло кожевника, как можно было бы подумать, а скорее всего, прозвище или мирское имя Кожня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кожнин — сын Кожни. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге.

Само слово «кожня» в древнерусских говорах могло означать либо человека с грубой, «кожаной» кожей (прозвище по внешности), либо того, кто выделывал кожи, но в уменьшительной форме. Вторая версия менее вероятна: для кожевника использовали слова «кожемяка» или «кожевник», а «кожня» — скорее ласкательное или ироничное прозвище. Встречается и вариант, что Кожня — это производное от канонического имени Косма (Кузьма) через народную форму Козьня, но для этого нет надёжных диалектных подтверждений.

Фамилия редкая. В дореволюционных переписях её носители фиксируются в основном в Вятской и Пермской губерниях — на территории бывшего Соликамского уезда. Это не случайно: в Прикамье и на Вятке фамилии на -ин от прозвищ образовывались особенно активно. Там Кожнины могли быть крестьянами или посадскими людьми, а само прозвище — закрепиться за родом, где кто-то из предков выделялся либо внешностью, либо характером, напоминавшим «кожу» — твёрдость или нечувствительность.

Сегодня Кожнины встречаются рассеянно по России, но наибольшая концентрация сохраняется в Кировской области и Пермском крае. Встречается также вариант с одной «н» — Кожина, но это уже другая фамилия, образованная от слова «кожа» без суффиксального наращения. Кожнина — более редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, а не с прямым названием профессии.