Фамилия Кожникова — женская форма мужской фамилии Кожников, и её разбор стоит начать с суффикса. Основа «Кожник-» плюс типичный русский патронимический суффикс «-ов» указывает на принадлежность: в двусоставной модели (Кожников сын) это буквально «сын Кожника». Суффикс «-ов» здесь стандартный для фамилий, образованных от прозвищ или профессий, а не от крестильных имён (где чаще встречается «-ин»).

Ключевой элемент — слово «кожник». В древнерусском языке так называли кожевника, мастера по выделке кож. Это ремесло было распространённым, но не слишком престижным: кожевники часто селились на окраинах городов, в особых слободах, из-за неприятного запаха при обработке сырья. Исходное прозвище Кожник могли дать предку не только по профессии, но и по характерной одежде — например, человеку, носившему кожаный плащ или фартук, что выделяло его среди односельчан.

В отличие от более распространённых фамилий вроде Кожевников (от той же основы, но с суффиксом «-евников»), форма Кожников встречается заметно реже. Это не вариант-дубль, а самостоятельная модель: «Кожник» — прозвище, а «Кожевник» — название профессии с другим суффиксом. В письменных источниках XVII века, например, в переписных книгах Московского уезда, фиксируются крестьяне с прозвищем Кожник, от которого позднее и возникла фамилия.

Географически фамилия Кожникова не привязана к одной области: её носители встречаются в центральных регионах России, на Урале и в Сибири, куда переселенцы принесли свои прозвища. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена — её корни, скорее всего, крестьянские или посадские. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят подобные образования к числу профессиональных, но с оговоркой: прозвище могло закрепиться и за человеком, который просто торговал кожами, а не выделывал их.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с диалектным словом «кожник» в значении «кожаный мешок» или «кошель», но это менее вероятно: профессиональное значение в русских говорах было основным. Единственная альтернатива — возможная связь с именем Кожан (от «кожаный»), но тогда фамилия была бы Кожанов, а не Кожников.