Фамилия Коженикова — женская форма фамилии Кожеников, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. В отличие от привычных «-ов» или «-ин», здесь мы видим суффикс «-иков», который встречается реже. Он указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на «-ик»: Коженик. То есть предок был не просто «кожевником» (мастером по коже), а, скорее всего, носил прозвище Коженик — либо по профессии, либо по характерной черте, связанной с кожей.

Основа «кожен-» напрямую отсылает к слову «кожа» и производным от него ремёслам. В русских говорах «коженик» — это тот же кожевник, человек, который выделывает кожу. Это было распространённое занятие в деревнях и слободах, особенно в центральных и северных губерниях, где скотоводство давало сырьё. Однако фамилия могла возникнуть и от более узкого прозвища: например, Кожеником могли называть того, кто постоянно ходил в кожаном фартуке или имел грубую, «кожаную» внешность.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Кожевников, Кожин, Кожанов, — то Кожеников выделяется именно суффиксом. Кожевников образован от «кожевник» (с суффиксом «-евник»), а Кожеников — от более просторечного или диалектного варианта «коженик». Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где говорили не на литературном русском, а на местном говоре — например, на севере или в Сибири, куда переселенцы приносили свои прозвища.

Исторически фамилия Кожеников не была дворянской или широко известной — она скорее крестьянская или мещанская. Встречается в переписях XIX века, например, в Вологодской и Вятской губерниях, где кожевенные промыслы были развиты. В современной России фамилия редкая, что делает её ценной для генеалогии: носители, скорее всего, происходят из одного корня, а не из множества разрозненных родов.